Dans le cadre de sa mission de mise en œuvre du financement de la recherche sur projets, pour les opérateurs publics en coopération entre eux ou avec des entreprises, l'Agence nationale de la recherche offre des opportunités de financement au travers de divers programmes (plans d'action annuels, programmes d'investissements d'avenir). Des membres de l'ACCRA répondent régulièrement aux appels à projets, et certains de leurs projets ont été sélectionnés.
Dans le cadre des initiatives d'excellences destinées à faire émerger des pôles universitaires français de rang mondial, le projet « Par-delà les frontières - l’Université de Strasbourg » porté par l’Université de Strasbourg en partenariat avec le CNRS et l’Inserm a été lauréat en 2012 de l’appel à projets Initiatives d’Excellence (IdEx), et permet à l'Université de Strasbourg d'agir dans cinq domaines dont celui de la recherche au travers de divers appels à projets annuels. Des membres de l'ACCRA répondent régulièrement aux appels à projets, et certains de leurs projets ont été sélectionnés.